En la Copa Libertadores también su participación se vería manchada, debido a un confuso incidente en el partido frente a Olimpia, válido por los octavos de final, donde una moneda impactó al juez de línea, camiseta barcelona 2023 lo que costó la eliminación de Cobreloa. Si bien no se logró lo esperado, el segundo lugar en el Campeonato Nacional le otorgó a Cobreloa la opción de jugar la Copa Libertadores 2001, donde quedaría 2° en su grupo con 10 puntos, camisetas del barcelona siendo superado por Boca Juniors de Argentina con 15. Los chilenos fueron nuevamente eliminados por su clásico verdugo Rosario Central en octavos de final.
